Snij de pompoen doormidden, verwijder de pitten en draden en verwijder de schil. Snij het vruchtvlees in blokjes van ongeveer 2 bij 2 centimeter. Doe het water, de suiker, het citroensap en de halve vanillestok in de pan. Breng dit aan de kook en roer het met een houten lepel door totdat de suiker volledig is opgelost.
Voeg de blokjes pompoen toe. Zet het vuur lager en laat de pompoen ongeveer 30 tot 40 minuten zachtjes koken.
Prik met een vork in een blokje. Het moet zacht zijn, maar nog wel zijn vorm behouden. Haal de pan van het vuur en laat de pompoen in de stroop afkoelen.
Schep de blokjes samen met siroop in de glazen potten. Zorg dat de stukjes helemaal onder de suikersiroop staan. Sluit de potten goed af.